Создание кафедры математических методов в экономике в 2004 г. в рамках факультета экономики и управления было нацелено на подготовку кадров, владеющих методами экономико-математического моделирования и управления в сложных организационно-экономических системах, для работы в современной российской экономике крупных корпораций.
На этапе создания, в 2004-2005 учебном году, кафедра была ориентирована на преподавание таких дисциплин естественнонаучного цикла, как "Математика", "Линейная алгебра", "Математический анализ", "Эконометрика". На кафедру были переведены 3 штатных преподавателя, заведующим кафедрой был назначен профессор, д.т.н. Горлач Б.А.
В 2005-2007 г.г. спектр преподаваемых предметов расширялся, во-первых, за счет дисциплин специальности "Математические методы в экономике", во-вторых, за счет дисциплин инструментального профиля, переданных с кафедры компьютерных систем.
В 2007 г. на должность заведующего кафедрой был назначен д.э.н. Гераськин М.И.
В 2008 г. в рамках специальности "Математические методы в экономике" была открыта специализация "Экономика и моделирование инноваций". Состоялся первый выпуск специалистов экономистов-математиков, из которых многие остались на научной и преподавательской работе на факультете экономики и управления.
В 2011 г. началось обучение бакалавров по образовательной программе "Бизнес-информатика" (профиль "Управление бизнес-процессами"), первый выпуск в 2015 г.