В связи с условиями конкурса ведущих вузов, СГАУ нужно сменить тип учреждения, то есть стать автономным образовательным учреждением. Учёный совет университета 24 июля принял решение о таком переходе. Следующий шаг – это решение должна поддержать конференция трудового коллектива университета. Конференция состоится 12 сентября.
 
Сейчас СГАУ является государственным бюджетным образовательным учреждением.
С точки зрения законодательства и бюджетное, и автономное учреждение обладают практически одинаковым определением: «Автономное учреждение – это некоммерческая организация, созданная Российской Федерацией, субъектом Российской Федерации, муниципальным образованием для выполнения работ, оказания услуг в целях осуществления предусмотренных законодательством Российской Федерации полномочий органов государственной власти, органов местного самоуправления в сферах науки, образования… , а также в иных сферах в случаях, установленных федеральными законами».
 
А вот с точки зрения хозяйствующего субъекта есть несколько существенных отличий.
Так в автономном учреждении среди органов управления появляется наблюдательный совет университета. И это уже не совещательный орган как наблюдательный (попечительский) совет университета. В него входит около 10 человек: представители исполнительных органов государственной власти (в том числе представители учредителя – Министерства науки и образования РФ), представители СГАУ (кроме ректора и его заместителей), а также представители общественности. Совет будет рассматривать и утверждать отдельные финансовые и уставные вопросы.
Автономное учреждение получает и дополнительные финансовые возможности. При этом субсидии на госзадание и иные цели, а также бюджетные инвестиции остаются в том же объёме, что и для бюджетного учреждения. Теперь автономное учреждение может открывать счета не только в казначействе, но и в банках. На него не распространяется действие Федерального закона №94, а закупочная деятельность ведётся на основании внутреннего положения о закупках и Федерального закона №233. Также появляется возможность получения займов и кредитов.
 
Создание автономного учреждения на базе бюджетного учреждения происходит путём изменения типа учреждения, что не является реорганизацией и не требует переоформления лицензий и свидетельств.
 
Переход в новый организационный тип предполагает проведение масштабной инвентаризации имущества вуза. По словам С.Г. Матвеева, начальника планово-финансового управления СГАУ, вуз к этой процедуре готов.