Теория познания, философия науки, история русской философии.
Является автором более 100 научных трудов.
В своих исследованиях установил, что онтологические основания познания, фиксируемые в таких теоретических конструктах как "идеалы" и "нормы" научного исследования, "научная картина мира" и "стиль научного мышления", не охватывают в полной мере всю совокупность культурно-исторических предпосылок познавательной деятельности, представленных в широком контексте духовного и практико-духовного освоения мира. В качестве альтернативы сциентизму и нормативизму методологического подхода предлагается мировоззренческое обоснование знания, позволяющее тематизировать систему онтологических оснований познания, раскрыть человеческие параметры познавательной деятельности, проанализировать связь научно- исследовательской мысли с целым пластом "мыслей в мире" - структурами практического сознания, элементами вне- и донаучного знания.
Диссертации на соискание научной степени кандидата философских наук, защищенные под руководством доктора философских наук, профессора Шестакова А.А.:
1) Стоцкая Татьяна Геннадьевна. Методологическое сознание как культурно- исторический феномен. (Специальность 24.00.01 - теория и история культуры). Место защиты: Самарский государственный университет. 1998 год.
2) Сысоев Дмитрий Юрьевич. Проблемы формирования идеальных моделей естественнонаучных теорий. (Специальность 09.00.01 – онтология и теория познания). Место защиты: Самарский государственный университет. 1998 год.
3) Носков Эдуард Геннадьевич. Университет как институциональная форма бытия научного сообщества. (Специальность 09.00.11 – социальная философия). Место защиты: Ульяновский государственный технический университет. 1998 год.
4) Богатырева Елена Дмитриевна. Индивидуальный стиль как онтологическая проблема. (Специальность 09.00.01 – онтология и теория познания). Место защиты: Самарский государственный университет. 2000 год.
5) Марченко Влада Викторовна. Концептуальный комплекс "идентичность-тождество-единство" и его методологическая роль в социально-философском исследовании. (Специальность 09.00.11 – социальная философия). Место защиты: Ульяновский государственный технический университет. 2000 год.
6) Ковалюнас Нина Владимировна. Элита в структуре общества: социально-философский анализ. (Специальность 09.00.11 – социальная философия). Место защиты: Самарский государственный университет. 2000 год.
7) Шмелева Анна Викторовна. Хронотоп исторического: диалогическая природа исторического познания. (Специальность 09.00.01 – онтология и теория познания). Место защиты: Самарский государственный университет. 2000 год
8) Погодина Галина Викторовна. Роль теории самоорганизации в формировании нового мировидения.(Специальность 09.00.08 - философия науки и техники). Место защиты: Ульяновский государственный технический университет. 2000 год.
9) Клёцкин Михаил Васильевич. Ценностная природа научного познания. (Специальность 09.00.01 – онтология и теория познания). Место защиты: Самарский государственный университет. 2002 год.
10) Колыбанов Андрей Витальевич. Онтология права: экспликация проблемного поля. (Специальность 09.00.01 – Онтология и теория познания). Место защиты: Самарский государственный университет. 2003 год.
11) Ходыкин Владимир Владимирович. Тенденции к универсализации сомнения в познании. (Специальность 09.00.01 –
онтология и теория познания). Место защиты: Башкирский государственный университет. 2005 год.
12) Государева Ольга Владимировна. Эстетическая культура как экзистенциальная потенция личности. (Специальность
09.00.11 – онтология и теория познания). Место защиты: Чувашский государственный университет им. И.Н. Ульянова. 2005 год.
13) Иванова Татьяна Николаевна. Мифолого-игровой элемент в политическом сознании. (Специальность 09.00.11 – социальная
философия). Место защиты: Чувашский государственный университет им. И.Н. Ульянова. 2006 год.
14) Кузнецов Виктор Александрович. Экономическая культура: проблема онтологического статуса. (Специальность 09.00.11 –
социальная философия). Место защиты: Чувашский государственный университет им. И.Н. Ульянова. 2006 год.
15) Гибадуллина Наиля Идеаловна. Личность как способ человеческой экзистенции. (Специальность 09.00.11 – социальная
философия). Место защиты: Чувашский государственный университет им. И.Н. Ульянова.
16) Филатова Наталья Степановна. Философские основания модели образовательного пространства (Болонский сценарий развития). (Специальность 09.00.11 – социальная философия). Место защиты: Чувашский государственный университет им. И.Н. Ульянова. 2006 год.
17) Гурьянов Николай Юрьевич. Правовая культура: сущность, структура, социальные функции. (Специальность 09.00.11 – социальная философия). Место защиты: Чувашский государственный университет им. И.Н. Ульянова. 2006 год.
18) Вострова Оксана Ивановна. Концепция гражданского общества: философское обоснование, исторические формы. (Специальность 09.00.11 – социальная философия). Место защиты: Чувашский государственный университет им. И.Н. Ульянова. 2007 год.
19) Юсупова Марина Валерьевна. Социально-философские основания конструирования гендерной идентичности. (Специальность 09.00.11
– социальная философия). Место защиты: Чувашский государственный университет им. И.Н. Ульянова. 2011 год.
Диссертации, представленные на соискание учёной степени доктора философских наук, в подготовке которых доктор философских наук, профессор Шестаков А.А. выступал научным консультантом:
1) Голубев Андрей Васильевич. Этнический диспаритет: сущность, методология изучения, фазовая динамика, уровни детерминации.
(Специальность 09.00.11 – социальная философия). Место защиты Самарский государственный университет. 2004 год.
2) Гурьянова Анна Викторовна. Философско-методологические основания синтеза ключевых парадигм современной эпистемологии
истории. (Специальность 09.00.01 – онтология и теория познания). Место защиты Чувашский государственный университет им. И.Н.
Ульянова.2009 год.
3) Стоцкая Татьяна Геннадьевна. Феномен рациональности: исторические и типологические формы. (Специальность 09.00.01 – онтология и
теория познания). Место защиты Чувашский государственный университет им. И.Н. Ульянова. 2010 год.
4) Носков Эдуард Геннадьевич. Онтология власти: тотальность и символический характер властеотношения. (Специальность
09.00.11 – социальная философия). Место защиты Чувашский государственный университет им. И.Н. Ульянова. 2011 год.
